Boa tarde,
eu tive esse problema, tive que bloquear o depósito nos itens pra ninguém usar e criar um outro,, ficou lá pra sempre... depois de usado você não consegue alterar ele.
você pode deixar desse jeito se quiser, só que terá saldo de peça nesse depósito, talvez precise só criar um procedimento de quando você jogar fora as peças ou destruir (ou no fechamento do inventário, ou no fim do mês), você fazer uma "saída de mercadoria" pra zerar esse depósito.
Faça o teste em um ambiente teste ok, não vai fazer no ambiente de produção porque essas configurações as vezes não tem volta.
Abraço,
Fabio